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欢迎关注”生信修炼手册”! Gene Ontology是研究基因功能的重要数据库之一,在进行GO的富集分析时,需要提供所有基因对应的GO注释信息,本文介绍几种获取该信息的方式。 1. 从GO官网进行下载官网提供了几种常见物种对应的GO注释信息,文件格式为GAF, 下载链接为 http://www.geneontology.org/page/download-go-annotations human对应的文件如下 该文件中提供的是uniprot数据库中的蛋白对应的GO信息,会给出蛋白对应的uniprot数据库编号,蛋白对应的基因symbol, 以及GO注释,示例如下 UniProtKB A0A024R161 DNAJC25-GNG10 GO:0003924原始文件列数很多,我只选了前4列,第一列表示数据库的名字,第二列为数据库中的编号,第三列为gene symbol, 第四列为对应的GO注释。 2. 从GOA项目进行下载EBI对uniprot数据库中的蛋白进行了GO注释分析,这个项目名为gene ontology annotation, 简称GOA, 在FTP也提供了物种对应的注释信息,示意图如下 以human为例,FTP地址如下 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/HUMAN/ 这里的文件和GO官网的文件内容和格式是一致的,只不过数量上稍有差异。 3. 从NCBI Gene 数据库进行下载在NCBI检索基因时,在结果页面会看到该基因对应的很多注释信息,其中就包括了GO注释,这些信息在FTP上都提供了源文件,以供下载,链接如下 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/ 几个主要的文件示例如下 gene2go就是基因对应的GO注释文件,这个文件包含了所有物种的GO信息,可以根据物种对应的tax id提取指定物种。 NCBI中用Entrez Id 标识每个基因,通过另外的几个文件,可以得到Entrez ID, Ensemble Id, Gene Symbol对应的GO信息。 4. 从Bioconductor 获取对于常见的物种,Bioconductor上也提供了对应的注释包,示意如下 以org.Hs.eg.db为例,这个R包存储了很多human基因对应的信息,通过keys和select函数可以获得基因对应的GO注释信息,代码如下 > k select(org.Hs.eg.db, keys = k, columns = c("GO", "ONTOLOGY"), keytype="ENTREZID") 'select()' returned 1:many mapping between keys and columns ENTREZID GO EVIDENCE ONTOLOGY 1 1 GO:0002576 TAS BP 2 1 GO:0003674 ND MF 3 1 GO:0005576 IDA CC这里的代码只是根据Entrez ID 得到了GO注释信息,其实这个R包也包含了gene symbol, ensembl id等很多其他的基因ID。 许多做富集分析的包就会从物种对应的db包中读取GO注释信息。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你! |
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